国内企业若是想以公司控股的方式来注册日本公司，这个过程是比较复杂，需要先做境外投资备案才能继续后续的工作。如果卖家是想做日本跨境电商市场，建议直接以董事个人名义去注册日本公司，这样时效会快很多。
注册日本公司要怎么操作？
首先要确认公司的基本章程
①公司名称、地址:
日本的公司取名比较自由，但如果同一栋楼已经有人使用的名称无法再次使用，注册地址需为实际地址。
②经营范围:
事业内容可以写10-20个，后续增加则需要3万日元手续费。
③发起人或法人信息登记
④组织机构:股东会、董事会、经理等
⑤董事人员及其报酬
⑥制作并认证公司印章
⑦发起人印章证明书:如果居住在国内的话，需要在国内公证，会发印章公证书。
第二，汇入注册资金
除某些特定行业对资本金有最低限要求外，日本法律对普通公司的资本金没有最低限要求，理论上1日元也可以设立公司。但公司设立后的运营需要一定的初始资金，资本金过低的，可能无法保障公司正常运营，同时也可能会影响日本公司银行账户开设、业务拓展。
如果资本金超过5亿日元，属于日本公司法规定的“大公司”，公司组织机构的设置就有较为严格的限制，比如需要设置会计监察法人。此外，资本金在1亿日元以下的，可以享受一定的税收优惠待遇。建议外国投资人咨询专业人士意见后确定日本公司的资本金规模。
日本公司法要求资本金实缴，即发起人应在公司设立前足额缴纳资本金，资本金的出资缴付凭证也是申请设立登记时需要提供的资料之一。
资金汇入具体步骤：
① 准备好500万日元的资本金，汇入到自己的日本银行账户内。
② 制作汇款证明书
③ 打印账户汇款页，并盖章。
④ 公司设立完成后，开设法人账户，将个人账户内的资本金转到法人账户内。
第三，注册文件后申请公司登记
制作注册文件:包括公司类型、名称、地址、经营范围和注册资金等材料
资本金汇入后，向公司所在地管辖的法务局提交材料和登记申请。
① 登记申请需要「收入印纸」(印花税)15万日元。
② 公司的成立日为当天提交登记申请的日期。
③ 不用去到窗口，通过邮寄也可提交申请。
第四，向税务局年金事务所等部门通知或申报
印章证明书的申请
向税务署做各项通知
向都道府县、市町村做各项通知
保险、年金的相关手续
劳灾保险、雇佣保险等
整个流程，如果没有意外，大概一个半月左右即可完成日本公司注册。
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